Полногеномный секвенатор MiniSeq
Доступный настольный секвенсор
Система MiniSeq обеспечивает мощь и надежность проверенной технологии секвенирования следующего поколения (NGS) от Illumina в доступном решении для секвенирования. Он обеспечивает экономичное секвенирование даже для небольшого количества образцов. Его оптимизированный рабочий процесс позволяет быстро секвенировать как ДНК, так и РНК. Небольшая занимаемая площадь позволяет легко разместить его в лабораториях без необходимости в специализированном вспомогательном оборудовании.
Персональная система Illumina MiSeq – предназначена для осуществления высокопроизводительного секвенирования большого количества нуклеотидных последовательностей геномов живых организмов (секвенирования ДНК). Таким образом, отпадает необходимость в покупке дополнительного оборудования, что гарантирует значительную экономию в средствах и занимаемых площадях.
MiSeq – секвенатор нового поколения. В одном компактном инструменте все необходимое оборудование для осуществления анализа последовательности ДНК: модуль для генерации кластеров, модуль для парноконцевого секвенирования и модуль для анализа и хранения полученных данных.
Работа на системе MiSeg осуществляется при использовании реагентов TruSeq (Illumina), что делает данную платформу идеальным инструментом для осуществления быстрого и экономного генетического анализа до 96 образцов в мультиплексе для широкого круга различных применений. Анализ данных занимает всего 8 часов, а процесс характеризуется исключительной простотой и точностью. За один запуск генерируется и обрабатывается более 1 миллиарда нуклеотидов.
Области применения:
Система высокопроизводительного секвенирования Illumina MiSeq позволяет с легкостью осуществлять стандартные эксперименты, такие как ресиквенс ампликонов, перепроверка клонов, анализ небольших геномов и целевое секвенирование участков генома с гораздо большей производительностью и намного быстрее и дешевле, чем при использовании способа секвенирования методом капиллярного электрофореза и пиросеквенирования.
Вы получаете доступ к таким мощным методам секвенирования нового поколения (NSG Next-Generation Sequencing), как высоко-мультиплексное секвенирование ПЦР-ампликонов, узконаправленный ресиквенс, ChIP-Seq (хроматиниммунопреципитация), секвенирование малых РНК (small RNA), анализ рисунков метиллирования и многое другое.
Появилась возможность анализа геномных локусов при трансплантации органов и тканей, HLA-типирование, анализа генетическиассоциированных болезней и предрасположенности, изучение мультифакторных заболеваний и причин возникновения рака, анализ полных геномов бактерий и вирусов, метагеномов.
Платформа MiSeq, созданная на основе проверенных технологий Illumina, уже сейчас позволяет секвенировать более 36 000 генов за один запуск с помощью Custom Amplicon панелей, конструируемых специалистами Illumina по заказу клиента. В наличии есть и уже готовые панели, например, для исследования онкомаркеров (400 онкогенов в одной пробе при возможном мультиплексе в 96 проб).
Принцип работы:
Система высокопроизводительного секвенирования Illumina MiSeq основана на инновационном методе параллельного секвенирования миллионов фрагментов ДНК с использованием технологии секвенирования на молекулярных кластерах при помощи флуоресцентно меченных нуклеотидных зондов.
Мало того, система MiSeq оснащена революционной системой флюидики, которая позволяет сократить время самого процесса секвенирования в 5 раз. Сначала геномная ДНК фрагментируется до размеров 200–1000 п.н. Полученные фрагменты представляют собой основу для создания библиотеки случайных фрагментов, что достигается путем последовательных ферментативных реакций, «пришивки» олигонуклеотидных адаптеров с последующей амплификацией.
Затем последовательности, кластеризованные на чипе в результате ПЦР, детектируются в проточной ячейке системы высокопроизводительного секвенирования Illumina MiSeq при добавлении флюорисцентно-меченых оснований.
Добавление оснований и детекция флюорисценции происходит автоматически, с использованием реагентных наборов (приобретаются отдельно).
Полученные данные флюорисценции, получаемые в течение нескольких часов (не дней) анализируются внешним контролирующим компьютером и управляющим программным обеспечением, и переводятся в представление коротких последовательностей ДНК.
Создание кластера и последовательность
| Комплект высокой производительности системы MiniSeq * | Набор MiniSeq Rapid * | Комплект промежуточного вывода системы MiniSeq * | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Длина чтения | 2 × 150 п.н. | 2 × 75 п.н. | 1 × 75 п.н. | 1 × 100 п.н. | 2 × 150 п.н. |
| Общее время † | ~ 24 часа | 13 часов | 7 часов | <5 часов | 17 часов |
| Выход | 6,6–7,5 Гб | 3.3–3.75 Гб | 1.65–1.875 Гб | 2 Гб | 2.1–2.4 Гб |
* Спецификации установки основаны на библиотеке управления Illumina PhiX при поддерживаемой плотности кластеров (от 129 до 165 к / мм 2 кластеров, проходящих через фильтр). Фактические параметры производительности могут различаться в зависимости от типа образца, качества образца и кластеров, прошедших фильтр. Все комплекты MiniSeq совместимы с парным концом. † Общее время включает создание кластера, секвенирование с помощью проточной кюветы с высокой производительностью и вызов базы с оценками качества в системе MiniSeq.
Чтения или кластеры, проходящие фильтр
| Комплект высокой производительности системы MiniSeq | Комплект MiniSeq System Rapid Kit | Комплект промежуточного вывода системы MiniSeq | |
|---|---|---|---|
| Одиночные чтения | 22–25 миллионов | 20 миллионов | 7–8 миллионов |
| Парные чтения | 44–50 миллионов | N / A | 14–16 миллионов |
Показатели качества ††
| Комплект высокой производительности системы MiniSeq | Комплект промежуточного вывода системы MiniSeq | Комплект MiniSeq System Rapid Kit |
|---|---|---|
| > 80% базисов выше, чем Q30 при 2 × 150 б.н. | > 80% базисов выше, чем Q30 при 2 × 150 б.н. | > 85% баз выше, чем Q30 при 1 × 100 б.п. |
| > 85% баз выше, чем Q30 при 2 × 75 б.н. | ||
| > 85% базисов выше, чем Q30 при 1 × 75 п.н. |